Departemen Biologi FMIPA UI semula bernama Jurusan Biologi FIPIA UI kemudian berubah menjadi Departemen pada tahun 2004. Berdasarkan tempat penyelenggaraan pendidikan, Jurusan/Departemen Biologi FMIPA UI mengalami tiga periode yaitu periode di Bogor (1961—1975), periode di Jakarta (1975—1987), dan periode di Depok (1987—sekarang). Penyelenggaraan pendidikan FIPIA UI awalnya menempati gedung Lembaga Eijkman (Laboratorium Pusat Kesehatan Departemen Kesehatan) di Jalan Diponegoro 69, Jakarta. Tiga Jurusan yaitu Matematika, Fisika, dan Kimia ditempatkan di Jakarta, sedangkan Jurusan Biologi ditempatkan di Bogor bersama dengan Fakultas Kedokteran Hewan (FKH) UI dan Fakultas Pertanian (FP) UI. Hal ini disebabkan sarana untuk menjalankan pedidikan biologi di Bogor dapat lebih terjamin. Pada waktu itu (1961—1968) Jurusan Biologi dipimpin oleh seorang Kepala Jurusan – Dr. Soekarja Somadikarta yang juga pendiri Jurusan Biologi – yang dibantu oleh seorang tenaga administrasi, bertempat di Bagian Zoologi FKH UI, Jl. Taman Kencana Bogor. Mahasiswa angkatan I tahun ajaran 1961/1962 Jurusan Biologi berjumlah 14 orang terdiri atas 10 orang laki-laki dan 4 orang perempuan.
Seiring dengan tumbuhnya Fakultas Pertanian dan Fakultas Kedokteran Hewan menjadi Institut Pertanian Bogor (IPB) pada 1 September 1963 (SK Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan RI No. 91 Tahun 1963, 1 September 1963), maka Jurusan Biologi FIPIA UI mulai menyiapkan diri untuk menyelenggarakan pendidikan di Jakarta. Pada tahun ajaran 1968, Jurusan Biologi tidak lagi menerima mahasiswa di tingkat pertama, sepuluh tahun kemudian (1978) Jurusan Biologi siap kembali menerima mahasiswa baru tingkat pertama dan pendidikan diselenggarakan di Kampus UI Salemba 4, Jakarta. Mulai tahun ajaran 1987/1988, penyelenggaraan pendidikan Jurusan Biologi dipindahkan dari Kampus UI Salemba ke Kampus UI Depok.
Sebagai persiapan penyelenggaraan Jurusan Biologi di Jakarta tenaga pengajar berjumlah 5 orang, dan pada tahun 1974 berjumlah 12 orang. Mulai tahun 1970, beberapa Staf Pengajar Jurusan Biologi diminta untuk memangku jabatan di fakultas. Pada kurun waktu 1961—1974, Jurusan Biologi FIPIA UI menghasilkan 9 orang Sarjana Biologi dan 20 Sarjana Muda (B.Sc.).
Di Kampus Salemba Jurusan Biologi hanya menempati ruangan yang ditinggalkan oleh Fakultas Hukum yang pindah ke Rawamangun. Kemudian bersama dengan Jurusan Farmasi mendapat sebuah gedung baru; Jurusan Farmasi menempati lantai I s.d. III, sedangkan Jurusan Biologi di lantai IV. Dengan demikian dapat dikembangkan lima laboratorium yaitu Lab. Taksonomi, Lab. Fisiologi, Lab. Mikrobiologi, Lab. Ekologi, dan Lab. Anatomi, Histologi & Embriologi. Setelah itu Jurusan Biologi memiliki Rumah Kaca yang dibangun di samping gedung tersebut. Secara bertahap peralatan laboratorium pun dilengkapi melalui Proyek Sarana Lab I (PSL I) dan Proyek Sarana Lab II (PSL II) Depdikbud (Dana OECF 1977—1983).
Setelah 6 tahun Jurusan Biologi FMIPA UI pindah ke Kampus UI Depok, tepatnya tahun ajaran 1993/1994 dibuka Program Studi Magister Biologi (S2) disahkan dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No.577/DIKTI/Kep/1993, 25 September 1993. Kemudian pada tahun ajaran 1997/1998 Jurusan Biologi FMIPA UI juga membuka Program Studi S3 (Doktor) Biologi yang ditetapkan melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 256/DIKTI/Kep/1999, 24 Mei 1999.